El propósito de la ley de amnistía era el de perdonar los delitos derivados del proceso independentista y esto comprendía tanto las condenas impuestas y cumplidas como las causas que todavía se investigaban. Sin embargo, el Tribunal Superior de Justícia de Catalunya ha dictado una resolución en la que rechaza aplicar la amnistía a Artur Mas, Joana Ortega e Irene Rigau por la organización de la consulta del 9N.